专利侵权赔偿有两大原则：一是补偿性赔偿原则，二是惩罚性赔偿原则。补偿性赔偿原则这种观点主张，对专利侵权的损害在确定赔偿额时，应当以赔偿全部损失为原则，赔偿额既不能多于被侵权人的损失，也不能少于被侵权人的损失。
损失既包括直接损失，也包括间接损失。
惩罚性赔偿原则这种观点主张，在确定专利侵权的损害赔偿额时，除了补偿被侵权人的损失外，还应当对故意侵权情节严重的行为实行惩罚性赔偿，即除了补偿被侵权人的损失外，还应当加大赔偿额，使被侵权人获得的赔偿大于其受到的损失。持这种观点的人认为，补偿性赔偿原则不论侵权人的主观上是否是故意，情节是否严重，一律只对被侵权人的实际损失进行赔偿，无法体现法律对故意与过失侵权的区别态度，而惩罚性赔偿原则考虑侵权人的主观过错和侵权的情节，予以区别对待，较为公平。
那么专利侵权该如何赔偿呢？专利侵权有其固有的计算方式，《专利法》第60条规定：“侵犯专利权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定;被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。” 该条规定了三种专利侵权赔偿的计算方式：被侵权人因侵权受到的损失，侵权人因侵权获得的收益以及按照专利许可费的倍数确定。
权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿。除上述最基本的计算方式外，在司法实践中，还存在一些专利侵权赔偿数额的计算方式，根据最高法院知识产权审判的经验，司法实践中还有以下几种：
1、以权利通常、合理的转让费、使用费、等收益报酬作为标准进行赔偿。专利权的使用费、转让费等一般由当事人在合同中约定，即合同标准，以及同行业、同等水平的其他单位的使用费标准。这些标准一般是客观的，不会受到当事人之间纠纷因素的影响。
2、以权利人被侵权产品在侵权期间销售额下降或减少的数额乘每件权利产品利润之积，作为赔偿额。
3、以侵权人在侵权期间实施侵权行为所获扣除税收等合理成本的全部利润，作为赔偿额。
4、以权利人每件权利产品合理的平均利润或该行业该产品的每件平均利润，与侵权人侵权产品数量之积作为赔偿数额。此种方法对侵权人经审计亏损或利润过少致使赔偿额过低的情形使用很有效。
5、为调查和制止侵权行为而支出的合理费用，包括律师代理费、权利人为购买侵权商品(证据)的支出、为收集证据而作的证据保全公证费用、为审查证据购买的设备、消除侵权影响费(广告)、合理的差旅费等可计算在赔偿费用内。
6、侵权行为人所获得的利润作为赔偿数额计算，在这种情况下，可视具体案情经营费用不作为合理成本扣除。
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权利人自己没有任何成本，就有侵权赔偿金收入。
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